Разработан первый в мире карманный ДНК-трикордер

Ученые из Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) разработали первый в мире мобильный анализатор геномных последовательностей в виде приложения для iPhone, которое получило название iGenomics.

Соединив iPhone с портативным секвенсором ДНК, пользователи могут создать мобильную лабораторию генетики, что-то вроде пресловутого "трикордера", который используют врачи в известном фильме Star Trek. Приложение iGenomics полностью работает на устройстве на основе iOS, исключив потребность в ноутбуках или большом оборудовании в полевых условиях, что удобно для специалистов, занимающихся пандемиями и экологией.

Приложение для iPhone было разработано в качестве дополнения к миниатюрным устройствам для секвенирования ДНК, производимым компанией Oxford Nanopore. По словам разработчиков новой системы,

По мере того, как секвенсоры становились всё меньше и меньше, не было технологий, позволяющих изучать ДНК на мобильном устройстве. Большая часть изучения ДНК - выравнивание последовательностей ДНК, анализ - выполняется на больших серверных кластерах или высококлассных ноутбуках.

Как рассказывают специалисты CSHL, учёные, изучающие пандемии в удаленных областях, "летают с чемоданами, полными секвенсоров Nanopore, ноутбуков и другого оборудования для проведения такого анализа". Новая разработка Cold Spring Harbor Laboratory делает процесс исследования геномов более удобным, доступным и недорогим.

Пользователи могут выполнять секвенирование и переправлять данные друг к другу, причем они могут проводить анализ ДНК в самых удалённых местах - даже тех, где нет доступа к Интернету.

В статье, опубликованной в журнале Gigascience, специалисты Cold Spring Harbor Laboratory сообщают, что их алгоритм позволяет быстро картировать последовательности ДНК вирусных патогенов, таких как вирус гриппа или вирус Зика, и выявлять мутации, важные для диагностики и лечения. Компания также предоставляет онлайн-учебник для анализа других вирусных геномов, например коронавируса (SARS-CoV-2).